1. სააგენტო შედგება სტრუქტურული ქვედანაყოფების – დეპარტამენტებისაგან, რომელთა მეშვეობითაც სააგენტო უზრუნველყოფს თავისი უფლებამოსილებების განხორციელებას.
2. სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფებია:
ა) ადმინისტრაცია (დეპარტამენტი);
ბ) ეკონომიკური დეპარტამენტი;
გ) ელექტრონული სერვისების დანერგვისა და ინფორმაციული სისტემების დეპარტამენტი;
დ) ელექტრონულის სერვისების მიწოდებისა და ინფორმაციული ტექნოლოგიების დეპარტამენტი, რომლის სტრუქტურული ერთეულებია:
დ.ა) ინფრასტრუქტურის განყოფილება;
დ.ბ) ტექნიკური მხარდაჭერის განყოფილება;
ე) ინფორმაციული უსაფრთხოების დეპარტამენტი;
ვ) კიბერუსაფრთხოების დეპარტამენტი.
3. სააგენტოს თავმჯდომარეს უშუალოდ ექვემდებარებიან:
ა) ინფორმაციული უსაფრთხოების მენეჯერი;
ბ) პრობლემებზე რეაგირებისა და ცვლილებების მენეჯერი;
გ) პროდუქტების მართვის მენეჯერი;
დ) ტრენინგების მენეჯერი;
ე) მომხმარებლებთან ურთიერთობისა და ინფრასტრუქტურული პროექტების მენეჯერ