1. სააგენტოს თავმჯდომარეს ჰყავს ერთი მოადგილე, რომელსაც მინისტრთან შეთანხმებით, „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონის შესაბამისად, თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს თავმჯდომარე.
2. სააგენტოს თავმჯდომარის მოადგილე:
ა) ზედამხედველობს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების/ერთეულების საქმიანობას;
ბ) უშუალოდ ხელმძღვანელობს თავმჯდომარის მიერ განსაზღვრული სტრუქტურული ერთეულების საქმიანობას;
გ) სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების/ერთეულების ხელმძღვანელებისაგან ითხოვს ინფორმაციას შესრულებული და მიმდინარე სამუშაოების შესახებ;
დ) აკონტროლებს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების/ერთეულების მუშაობის კანონიერებას, გამართულობასა და დადგენილ სტანდარტებთან შესაბამისობას;
ე) უზრუნველყოფს სააგენტოს სტრუქტურული ქვედანაყოფების/ერთეულების კოორდინირებულ მუშაობას, ახდენს მათ ინფორმირებას სააგენტოს მიერ განსახორციელებელი და განხორციელებული საქმიანობის შესახებ;
ვ) ასრულებს სააგენტოს თავმჯდომარის ცალკეულ დავალებებს;
ზ) ახორციელებს საქართველოს კანონმდებლობით გათვალისწინებულ სხვა უფლებამოსილებებს.