ინფორმაციული უსაფრთხოების დეპარტამენტის ფუნქციებია:
ა) ინფორმაციული უსაფრთხოების ხელშემწყობი მართვის სისტემების დანერგვა და დანერგვის მხარდაჭერა;
ბ) ინფორმაციული უსაფრთხოების ხელშემწყობი მართვის სისტემების აუდიტის განხორციელება და აუდიტის განხორციელების მხარდაჭერა;
გ) კრიტიკული ინფორმაციული სისტემის სუბიექტების იდენტიფიცირება;
დ) სააგენტოში მიმდინარე ან დაგეგმილ პროექტებში ინფორმაციული უსაფრთხოების მოთხოვნების გათვალისწინებისა და დანერგვის ხელშეწყობა და მონიტორინგი;
ე) ინფორმაციული უსაფრთხოების სფეროში საზოგადოებრივი ცნობიერების ამაღლების ღონისძიებებში მონაწილეობა;
ვ) ინფორმაციულ საკომუნიკაციო ტექნოლოგიების დარგში პროფესიული განათლების გაუმჯობესების მიზნით წინადადებების მომზადება, ინფორმაციული უსაფრთხოების მართვის სისტემებთან დაკავშირებული ტრენინგებისა და სემინარების დაგეგმვა და ჩატარება;
ზ) კვალიფიციური სანდო მომსახურების მიმწოდებლის უსაფრთხოების საკითხების მონიტორინგი, მათ შორის, კვალიფიციური სანდო მომსახურების ავტორიზაციისათვის საჭირო დასკვნების, რეკომენდაციებისა და წინადადებების შემუშავება და სააგენტოს ხელმძღვანელობისათვის წარდგენა;
თ) ინფორმაციული უსაფრთხოების აუდიტის განმახორციელებელი პირების ავტორიზაციისათვის საჭირო დასკვნებისა და სხვა მასალების მომზადება და სააგენტოს ხელმძღვანელობისათვის წარდგენა;
ი) ინფორმაციული უსაფრთხოების მენეჯერების სერტიფიცირების პროცესის განხორციელება;
კ) ინფორმაციულ-საკომუნიკაციო ტექნოლოგიების განვითარებისთვის შესაბამისი რეკომენდაციების შემუშავება;
ლ) საქართველოს კანონმდებლობით დადგენილი წესით სახელმწიფო და კერძო სექტორში ინფორმაციული უსაფრთხოების მექანიზმებისა და სტანდარტების ამოქმედებისა და დანერგვის ხელშეწყობ