საფინანსო-ეკონომიკური მთავარი სამმართველოს ფუნქციებია:
ა) აკადემიის საფინანსო-სამეურნეო საქმიანობის მართვა, საბუღალტრო აღრიცხვა-ანგარიშგება და სახელმწიფო შესყიდვების ორგანიზება;
ბ) კანონმდებლობით დადგენილი ფორმით ფინანსური და საგადასახადო ანგარიშგების მომზადება;
გ) კომერციულ ბანკებთან და საგადასახადო ორგანოებთან მიმდინარე ურთიერთობების კოორდინაცია და მართვა;
დ) უნაღდო ფულადი ოპერაციების წარმოება;
ე) აკადემიის საქმიანობასთან დაკავშირებით ფინანსური ანალიზი;
ვ) მოსამსახურეებთან, მომხმარებლებთან და მომწოდებლებთან დროული ფინანსური ანგარიშსწორება;
ზ) აკადემიის ძირითადი საშუალებებისა და სასაქონლო მატერიალური მარაგების ინვენტარიზაციის ორგანიზება;
თ) აკადემიის წლიური ბიუჯეტის და მასში ცვლილებების პროექტის მომზადება და რექტორისთვის მისი წარდგენა;
ი) აკადემიის საქმიანობის ხარჯების ეფექტიანობის ანალიზი და წინადადებების მომზადება რექტორისთვის წარსადგენად;
კ) შესყიდვების პროცესების ორგანიზება კანონმდებლობის, აკადემიის მიზნებისა და ამოცანების შესაბამისად, შესყიდვების განხორციელების თაობაზე რეკომენდაციებისა და წინადადებების მომზადება და რექტორისთვის წარდგენა;
ლ) სატენდერო დოკუმენტაციის და ხელშეკრულებების პირობების მომზადება შესაბამის სტრუქტურულ დანაყოფებთან და სატენდერო კომისიის წევრებთან ერთად;
მ) მომწოდებლებთან ხელშეკრულებების გაფორმება და გაფორმებული ხელშეკრულებების შესრულების კონტროლი, ხელშეკრულების მიმდინარეობაზე ანგარიშის მომზადება, მიღება-ჩაბარების უზრუნველყოფა და ხელმძღვანელობისათვის შესაბამისი ინფორმაციის წარდგენა;
ნ) სატრენინგო მომსახურების გაყიდვისათვის შესაბამისი სამუშაო პროცესების ადმინისტრირება;
ო) სახელმწიფო შესყიდვების წლიური გეგმის პროექტის და მასში შესატანი ცვლილებების შემუშავება და ხელმძღვანელობისთვის წარდგენა;
პ) აკადემიის საქმიანობის ზოგადი და მოთხოვნილი თემატიკის მიხედვით სტატისტიკური მონაცემების წარმოება, მათზე დაყრდნობით სხვადასხვა საჭირო ანალიზის მომზადება;
ჟ) აკადემიის მოსამსახურეთა მატერიალურ-ტექნიკური მხარდაჭერა;
რ) აკადემიის სარგებლობაში არსებული შენობა-ნაგებობების გამართულ მდგომარეობაში ფუნქციონირების უზრუნველყოფა;
ს) აკადემიის შესაბამისი მოსამსახურეების ტრანსპორტირებითა და საამისოდ საჭირო ადამიანური რესურსით უზრუნველყოფა;
ტ) აკადემიის კუთვნილი ავტოსატრანსპორტო საშუალებების აღრიცხვა, მათი გამართულ მდგომარეობაში ყოფნისთვის სამუშაოების დაგეგმვა და ორგანიზება;
უ) აკადემიის სასაწყობო მეურნეობის მართვა; აუცილებელ მინიმალურ ნაშთებზე რექტორისთვის ინიციატივების წარდგენა და ნაშთების კონტროლი;
ფ) აკადემიის მატერიალურ-ტექნიკურ უზრუნველყოფა და ქონების დაცვა;
ქ) მთავარი სამმართველოს საქმიანობის პერიოდული ანგარიშის მომზადება და უფლებამოსილი პირებისთვის წარდგენა;
ღ) მთავარი სამმართველოს საქმიანობასთან დაკავშირებული ამ დებულებითა და სხვა ნორმატიული აქტებით განსაზღვრული სხვა ფუნქციების განხორციელება;
ყ) რექტორისა და მისი მოადგილეების მითითებებისა და დავალებების შესრულებ