1. ცენტრის საქმიანობის კოორდინაციის მიზნით, იქმნება უწყებათშორისი საბჭო, რომლის შემადგენლობაშიც შედიან მონაწილე უწყებათა ხელმძღვანელები:

ა) საქართველოს შინაგან საქმეთა მინისტრი;

ბ) სასაზღვრო პოლიციის უფროსი;

გ) საქართველოს თავდაცვის მინისტრის მოადგილე;

დ) საქართველოს საგარეო საქმეთა მინისტრის მოადგილე;

ე) საქართველოს ფინანსთა სამინისტროს მმართველობის სფეროში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირის – შემოსავლების სამსახურის უფროსი;

ვ) საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირის – საზღვაო ტრანსპორტის სააგენტოს დირექტორი;

ზ) საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის მინისტრის მოადგილე;

თ) საქართველოს გარემოს დაცვისა და სოფლის მეურნეობის სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირის – ბირთვული და რადიაციული უსაფრთხოების სააგენტოს უფროსი;

ი) საქართველოს დაზვერვის სამსახურის უფროსის მოადგილე;

კ) საქართველოს სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურის მმართველობის სფეროში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირის – საქართველოს ოპერატიულ-ტექნიკური სააგენტოს უფროსი;

ლ) საქართველოს სახელმწიფო უსაფრთხოების სამსახურის უფროსის მოადგილე;

მ) საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირის − სამოქალაქო ავიაციის სააგენტოს დირექტორი;

ნ) შეზღუდული პასუხისმგებლობის საზოგადოება „საქაერონავიგაციის“ დირექტორი;

ო) საქართველოს ეკონომიკისა და მდგრადი განვითარების სამინისტროს სისტემაში შემავალი საჯარო სამართლის იურიდიული პირი – საქართველოს სახელმწიფო ჰიდროგრაფიული სამსახურის დირექტორი.

2. უწყებათშორისი საბჭოს გადაწყვეტილებით, მის საქმიანობაში შეიძლება მონაწილეობდნენ ხელისუფლების სხვა ორგანოთა წარმომადგენლებიც.

3. უწყებათშორისი საბჭო არის ცენტრის მონაწილე უწყებების მხრიდან მხარდაჭერის არსებითი მექანიზმი, რომელიც ხელს უწყობს  ცენტრის საქმიანობას, უწყებათშორის თანამშრომლობასა და საზღვაო სივრცეში საქართველოს ინტერესების დაცვას.

4. უწყებათშორისი საბჭო ამ დებულებით გათვალისწინებული ამოცანების ეფექტიანი განხორციელების მიზნით:

ა) შეიმუშავებს რეკომენდაციებს ცენტრის საქმიანობის მიმართულებებსა და პრიორიტეტებზე;

ბ) ადგენს უწყებათშორისი საბჭოს მუშაობის რეგლამენტს;

გ) საჭიროების შემთხვევაში, ცენტრის მიმართვის საფუძველზე იღებს გადაწყვეტილებას კონკრეტული უწყებათშორისი ოპერაციების წარმართვასთან დაკავშირებით;

დ) განიხილავს და იღებს გადაწყვეტილებებს მონაწილე უწყებების მიერ ცენტრისათვის აუცილებელი ინფრასტრუქტურისა და რესურსების დროებითი გადაცემის შესახებ, საქართველოს კანონმდებლობის შესაბამისად;

ე) საჭიროების შემთხვევაში, ცენტრის საქმიანობის სრულყოფისა და საქართველოს საზღვაო უსაფრთხოების უზრუნველყოფის სფეროში კონკრეტულ საკითხებზე რეკომენდაციების შემუშავების მიზნით, ქმნის უწყებათშორის სამუშაო ჯგუფებს.

5. უწყებათშორის საბჭოს თავმჯდომარეობს საქართველოს შინაგან საქმეთა მინისტრი.

6. სასაზღვრო პოლიციის უფროსს ეცნობება წერილობით როგორც უწყებათშორისი საბჭოს წევრის ვინაობა, ასევე მისი ცვლილება.

7. უწყებათშორისი საბჭოს თავმჯდომარე იწვევს და უძღვება საბჭოს სხდომებს, ამტკიცებს სხდომის დღის წესრიგსა და, საჭიროების შემთხვევაში, შეაქვს მასში ცვლილებები. უწყებათშორისი საბჭოს თავჯდომარე განსაზღვრავს მისი არყოფნის შემთხვევაში უწყებათშორისი საბჭოს თავმჯდომარის მოვალეობის შემსრულებელს.

8. უწყებათშორისი საბჭოს საქმიანობის ადმინისტრირებასა და ორგანიზაციულ-ტექნიკურ უზრუნველყოფას ახორციელებს სასაზღვრო პოლიცია.

9. უწყებათშორისი საბჭოს სხდომა იმართება პერიოდულად, მაგრამ არანაკლებ წელიწადში ორჯერ. ასევე, საჭიროების შემთხვევაში, საბჭოს სხდომა იმართება ერთ-ერთი წევრის მოთხოვნის საფუძველზე.

10. უწყებათშორისი საბჭოს სხდომა ფორმდება შესაბამისი ოქმით. სხდომა შეიძლება ჩატარდეს პირდაპირი ხმოვანი და ვიზუალური ტელეხიდით, ასევე კომუნიკაციის სხვა საშუალებები