1. სააგენტოს ხელმძღვანელობს სააგენტოს უფროსი, რომელსაც „საჯარო სამართლის იურიდიული პირის შესახებ“ საქართველოს კანონით დადგენილი წესით, თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს მინისტრი.
2. სააგენტოს უფროსი:
ა) ხელმძღვანელობს სააგენტოს საქმიანობას, ანაწილებს მოვალეობებს სააგენტოს მოსამსახურეთა შორის, აძლევს მათ მითითებებსა და დავალებებს;
ბ) ზედამხედველობას უწევს სააგენტოს სტრუქტურულ ერთეულებსა და ტერიტორიულ ორგანოებს, მათ მიერ მოვალეობების შესრულების მიმდინარეობას, საქმიანობის კანონიერებასა და მიღებული გადაწყვეტილებების მიზანშეწონილობას;
გ) იღებს გადაწყვეტილებებს, მათ შორის, გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს, სააგენტოს კომპეტენციას მიკუთვნებულ საკითხებზე;
დ) სააგენტოს სახელით, კომპეტენციის ფარგლებში, ხელს აწერს მემორანდუმებს, ხელშეკრულებებს, მათ შორის, ადმინისტრაციულ ხელშეკრულებებს;
ე) კანონმდებლობით დადგენილი წესით, თანამდებობაზე ნიშნავს და თანამდებობიდან ათავისუფლებს სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულებისა და ტერიტორიული ორგანოების ხელმძღვანელებს და სხვა მოსამსახურეებს; ნიშნავს და ათავისუფლებს სტაჟიორებს;
ვ) კანონმდებლობით გათვალისწინებულ შემთხვევაში, დებს ადმინისტრაციულ და შრომით ხელშეკრულებებს;
ზ) იღებს გადაწყვეტილებას სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულებისა და ტერიტორიული ორგანოების ხელმძღვანელებისა და სხვა მოსამსახურეთა წახალისების შესახებ;
თ) იღებს გადაწყვეტილებას სააგენტოს მოსამსახურეთათვის დისციპლინური პასუხისმგებლობის ზომის შეფარდების შესახებ;
ი) პასუხისმგებელია სააგენტოსთვის სახელმწიფო ბიუჯეტიდან გამოყოფილი სახსრებისა და საქართველოს კანონმდებლობით განსაზღვრული სხვა შემოსავლების მიზნობრივ გამოყენებაზე;
კ) მინისტრთან შეთანხმებით, ამტკიცებს სააგენტოს საშტატო ნუსხასა და ხარჯთაღრიცხვას;
ლ) შეიმუშავებს და სამინისტროსთან შეთანხმებით ამტკიცებს ყოველწლიურ ბიუჯეტს;
მ) ამტკიცებს სააგენტოს შინაგანაწესს, საქმისწარმოებისა და სტატისტიკური ანგარიშის ფორმებს;
ნ) ამტკიცებს არასრულწლოვანთა რეფერირების პროცესის წარმართვისა და მონიტორინგის წესს, არასრულწლოვანთა რეფერირების ფარგლებში შეფასების, მონიტორინგისა და ანგარიშის ფორმებს, არასრულწლოვანთა რეფერირების პროცესში გასაფორმებელი ხელშეკრულების ფორმებს და არასრულწლოვანთა რეფერირების პროცესთან დაკავშირებულ სხვა დოკუმენტებს;
ო) ამტკიცებს სისხლის სამართლის მედიატორების საქმიანობის წესს და სამუშაო დოკუმენტაციის ფორმებს;
ო) უფლებამოსილია, სააგენტოში შექმნას კომისიები და სამუშაო ჯგუფები;
პ) სააგენტოს სახელით დებს გარიგებებს და გასცემს მინდობილობებს;
ჟ) უფლებამოსილია, მოახდინოს სააგენტოს უფროსის მოადგილეებსა და სააგენტოს სტრუქტურული ერთეულების უფროსებზე მისთვის საქართველოს კანონმდებლობით მინიჭებული ცალკეული უფლება-მოვალეობების დელეგირება;
რ) მინისტრს ყოველთვიურად წარუდგენს „დანაშაულის პრევენციის, არასაპატიმრო სასჯელთა აღსრულების წესისა და პრობაციის შესახებ“ საქართველოს კანონით დადგენილი წესით პრობაციის ბიუროების მიერ სასამართლოებისადმი მიმართული წარდგინებების, მსჯავრდებულთა დაჯარიმების, დადგენილი რეჟიმის საპატიოდ ჩათვლის, მსჯავრდებულის საზღვარგარეთ გამგზავრების შესახებ გაცემული ნებართვებისა და პირობითი მსჯავრის გაუქმების შესახებ ანგარიშს;
ს) გამოსცემს ინდივიდუალურ ადმინისტრაციულ-სამართლებრივ აქტებს სააგენტოს მოსამსახურეთა შვებულებასა და მივლინებასთან დაკავშირებულ საკითხებზე;
ტ) იღებს გადაწყვეტილებას საზღვარგარეთ გამგზავრების ნებართვის გაცემისთვის „დანაშაულის პრევენციის, არასაპატიმრო სასჯელთა აღსრულების წესისა და პრობაციის შესახებ“ საქართველოს კანონით დადგენილი საფასურისგან მსჯავრდებულის გათავისუფლების თაობაზე;
უ) იღებს გადაწყვეტილებას შინაპატიმრობის აღსრულებისას ელექტრონული ზედამხედველობის გამოუყენებლობის შესახებ;
ფ) აჩერებს ან აუქმებს პრობაციის ბიუროს ან არასრულწლოვანთა რეფერირების ცენტრის მიერ მიღებულ არამართლზომიერ გადაწყვეტილებას;
ქ) ახორციელებს კანონმდებლობით მინიჭებულ სხვა უფლებამოსილებებს.
3. სააგენტოს უფროსის არყოფნის ან მის მიერ სამსახურებრივი უფლებამოსილების შესრულების შეუძლებლობის შემთხვევაში, მის მოვალეობებს ასრულებს მინისტრის მიერ საამისოდ უფლებამოსილი სააგენტოს უფროსის ერთ-ერთი მოადგილე, ხოლო მოადგილის არყოფნის შემთხვევაში – მინისტრის მიერ საამისოდ უფლებამოსილი სააგენტოს ერთ-ერთი დეპარტამენტის უფროს