1. ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები წარმოადგენს სამეცნიერო კვლევებისა და მონიტორინგისათვის მნიშვნელოვან და მიმზიდველ ადგილს. იგი საქართველოში ერთ-ერთ ყველაზე უკეთ გამოკვლეული და შესწავლილი ტერიტორიაა, განსაკუთრებით კი მისი ფლორისა და მცენარეულობის თვალსაზრისით. სამეცნიერო ინტერესი ამ ტერიტორიის მიმართ ჯერ კიდევ XIX საუკუნეში დაიწყო, მთელ საბჭოთა პერიოდში გაგრძელდა და დღესაც მაღალი რჩება. მთელი კავკასიის რეგიონის მასშტაბით სწორედ ლაგოდეხის რაიონში მოხდა მრავალი სახეობის თავდაპირველი აღწერა.
2. სამეცნიერო და საგანმანათლებლო კუთხით ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები მნიშვნელოვან ფასეულობებს წარმოადგენს ლანდშაფტების, მცენარეების და ველური ცხოველთა სახეობების მრავალფეროვნება, აგრეთვე მათი მაღალი ენდემიზმი.
3. ლაგოდეხის დაცულ ტერიტორიებს დიდი პოტენციალი აქვს გეობოტანიკური, ეკოლოგიური და მცენარეთა სახეობების კვლევის თვალსაზრისით.
4. ადგილობრივი და საერთაშორისო სამეცნიერო დაწესებულებები და მკვლევრები აქტიურად თანამშრომლობენ სააგენტოსა და ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების ადმინისტრაციასთან.
5. ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიები საინტერესოა ასევე გეოგრაფიული, გეოლოგიური, არქეოლოგიური, ეთნოგრაფიული, კულტურული, სატყეო, ვეტერინარული და სხვა კვლევების თვალსაზრისითა