სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის საექსპერტო კომისიის მუშაობას ხელმძღვანელობს საექსპერტო კომისიის თავმჯდომარე, რომელიც:
ა) ათანხმებს სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის პროგრამასა და ჩატარების გრაფიკს სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის ჩამტარებელ ორგანოსთან;
ბ) ექსპერტიზის ჩატარების პროცესში განსაზღვრავს დამატებითი ექსპერტების ან კონსულტანტების მოწვევის აუცილებლობას;
გ) იხილავს ექსპერტიზის ჩატარების პროცესში წარმოქმნილ შესაძლო უთანხმოებებს;
დ) უშუალოდ უწევს კოორდინაციას კომისიის დასკვნის მომზადებას