სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის ჩატარების პროცედურა შედგება სამი ეტაპისაგან:
ა) მოსამზადებელი – ამ ეტაპზე ექსპერტიზის ჩამტარებელი ორგანოს საშტატო თანამშრომლების მიერ:
ა.ა) მოწმდება წარმოდგენილი დოკუმენტაციის შესაბამისობა კანონმდებლობით გათვალისწინებულ მოთხოვნებთან;
ა.ბ) ყალიბდება ექსპერტიზის ამოცანები, ფარგლები და მიმართულებები, განისაზღვრება მისი ჩატარების მეთოდოლოგიური და ტექნიკური საშუალებები, აგრეთვე საექსპერტო სამუშაოს მოცულობა;
ა.გ) ხდება ექსპერტთა შერჩევა რეესტრიდან ექსპერტიზის ძირითადი მიმართულებებისა და ამავე დებულებით განსაზღვრულ ექსპერტთა შერჩევის კრიტერიუმების შესაბამისად;
ა.დ) ფორმდება შრომითი ხელშეკრულება დამოუკიდებელ ექსპერტებთან;
ბ) ძირითადი ეტაპი – დოკუმენტაციის განხილვა ექსპერტთა მიერ, რომლის პროცესშიც დგინდება:
ბ.ა) ექსპერტიზაზე წარმოდგენილი საქმიანობის რეალიზაციისათვის არჩეული საშუალებების დასაბუთებულობა, მიღებული ტექნიკური, ტექნოლოგიური, საინჟინრო და არქიტექტურულ-გეგმარებითი გადაწყვეტილების მიზანშეწონილობა გარემოსდაცვითი თვალსაზრისით, ბუნებრივი, ენერგეტიკული რესურსებისა და ნედლეულის გამოყენების კომპლექსურობა, რაციონალურობა და ა.შ;
ბ.ბ) გარემოზე ზეგავლენის გამოვლენილი ფაქტორების ეკოლოგიური საშიშროების განსაზღვრის სისრულე და საქმიანობის განხორციელების შედეგად გარემოზე მოსალოდნელი ზემოქმედების მასშტაბები;
ბ.გ) გარემოსდაცვითი კანონმდებლობის მოთხოვნების უზრუნველსაყოფად, ავარიული სიტუაციების თავიდან ასაცილებლად და მათი შესაძლო შედეგების სალიკვიდაციოდ, აგრეთვე გარემოზე ზემოქმედების შერბილების გათვალისწინებული ზომების საკმარისობა;
ბ.დ) საქმიანობის განხორციელებისას ეკოლოგიური უსაფრთხოების, გარემოს ნორმატივებით გათვალისწინებული ხარისხობრივი მდგომარეობის უზრუნველსაყოფად საჭირო ოპერატიული და სხვა სახის კონტროლისა, აგრეთვე მონიტორინგისა და გარემოსდაცვითი მენეჯმენტის მეთოდები;
ბ.ე) წარმოების ტექნოლოგიურ პროცესში წარმოქმნილი ნარჩენების ეკოლოგიური საშიშროების, მათი განთავსებისა და გადამუშავების შესაძლებლობათა შეფასების ობიექტურობა;
ბ.ვ) პროექტის განხორციელებით გამოწვეული ეკოლოგიური რისკის შეფასება;
ბ.ზ) საზოგადოების მონაწილეობის პროცესში გამოთქმული მოსაზრებების განხილვა და მათი ექსპერტიზის შედეგებში გათვალისწინების მიზანშეწონილობის განსაზღვრა.
გ) დასკვნითი ეტაპი, რომელიც მოიცავს:
გ.ა) საპროექტო დოკუმენტაციაზე ცალკეულ ექსპერტთა მიერ საექსპერტო დასკვნების მომზადებას და მათ საფუძველზე კომისიის დასკვნის შედგენას;
გ.ბ) საქმიანობის განხორციელებისათვის სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის  პირობებისა და მათი შესრულების ვადების დადგენას;
გ.გ) „სახელმწიფო ეკოლოგიური ექსპერტიზის დასკვნის“ შედგენასა და შესაბამისი სახით გაფორმებას