1. 2009 წლიდან შექმნილია და ფუნქციონირებს ა(ა)იპ − ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების მეგობართა ასოციაცია, რომელმაც დონორებისგან მიღებული გრანტების ფარგლებში განახორციელა სხვადასხვა ტიპის პროექტები ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიებისთვის. მის მიერ განხორციელებული პროექტები ხელს უწყობენ საზოგადოების ცნობიერების დონის ამაღლებას და ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების ადმინისტრაციის საქმიანობების განხორციელებას.
2. ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების მართვაში საუწყებათაშორისო და ადგილობრივ თვითმმართველობის ორგანოებთან თანამშრომლობის მიზნით (პირველად 2006 წელს) შეიქმნა კანონით განსაზღვრული სამეცნიერო-საკონსულტაციო საბჭო, რომელიც შემდგომ რამდენჯერმე განახლდა. ამ დროისთვის საბჭო არ ფუნქციონირებს.
3. დაცული ტერიტორიების ადმინისტრაცია თანამშრომლობს მუნიციპალიტეტში არსებულ სასტუმროებთან, ეწყობა შეხვედრები სერვისების შეფასების, ნაკლოვანებების გამოვლენისა და მომსახურების ხარისხის გაუმჯობესების მიზნით. ინფორმაცია არსებული საოჯახო სასტუმროების, სასტუმროების, კვების ობიექტების, ტრანსპორტის და ა.შ. შესახებ მოგროვებული მონაცემთა ბაზაში და მიეწოდება ვიზიტორებს.
4. ადმინისტრაცია თანამშრომლობს სხვადასხვა ეროვნულ, რეგიონულ და ადგილობრივ უწყებებთან, მათ შორის, ლაგოდეხის მუნიციპალიტეტთან, სასაზღვრო პოლიციასთან, ეროვნულ სამაშველო სამსახურთან, ადგილობრივ პოლიციასთან და სხვა. ლაგოდეხის ადმინისტრაცია მჭიდროდ თანამშრომლობს სხვადასხვა სამეცნიერო და საგანმანათლებლო დაწესებულებებთან: საქართველოს ეროვნულ ბოტანიკურ ბაღთან, განათლების რესურსცენტრთან, ილიას სახელმწიფო უნივერსიტეტთან (დედამიწის შემსწავლელ მეცნიერებათა ინსტიტუტი, ბოტანიკის ინსტიტუტი, ზოოლოგიის ინსტიტუტი), საქართველოს აგრარულ უნივერსიტეტთან (ენტომოლოგიის ინსტიტუტი), სოფლის მეურნეობის სამეცნიერო კვლევითი ცენტრის აგროსატყეო სამსახურთან, სხვა.
5. ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების ადმინისტრაცია ნაყოფიერად თანამშრომლობს მრავალ ადგილობრივ, ეროვნულ და საერთაშორისო არასამთავრობო და დონორ ორგანიზაციასთან, მათ შორის: გაეროს განვითარების პროგრამა (UNDP), კავკასიის ბუნების ფონდი (CNF), WWF/TJS, იაპონიის საერთაშორისო თანამშრომლობის სააგენტო, სახეობათა კონსერვაციის ცენტრი „ნაკრესი“, სხვა.
6. 2018 წელს, TJS-III-ის ფარგლებში, დაიწყო ტრანსსასაზღვრო თანამშრომლობა ლაგოდეხის და ზაქათალის დაცულ ტერიტორიებს შორის ბიომრავალფეროვნების მონიტორინგთან (კავკასიური ირემი და აღმოსავლეთ კავკასიური ჯიხვის მონიტორინგი) დაკავშირები