1. თუშეთის დაცული ტერიტორიები (სახელმწიფო ნაკრძალი, ეროვნული პარკი) ოფიციალურად დაფუძნდა 2003 წელს „თუშეთის, ბაწარა-ბაბანეურის, ლაგოდეხისა და ვაშლოვანის დაცული ტერიტორიების შექმნის და მართვის“ შესახებ საქართველოს კანონის თანახმად. მანამდე თუშეთში არსებობდა სახელმწიფო ნაკრძალი, რომელიც, როგორც ახმეტის სახელმწიფო ნაკრძალის შემადგენელი ერთ-ერთი ტერიტორიული ერთეული, დაარსებული იყო 1981 წელს. თუშეთის სახელმწიფო ნაკრძალის დაარსების მთავარი მიზანი იყო უნიკალური და ხელუხლებელი ფიჭვნარების და არყნარების შენარჩუნება-დაცვა. სახელმწიფო ნაკრძალის ფარგლებში მოექცა თუშეთის ფიჭვნარების და არყნარების 2/3. სახელმწიფო ნაკრძალი არ მოიცავდა ალპურ და სუბალპურ ზონებს და, შესაბამისად, მას შეზღუდული მნიშვნელობა ჰქონდა მსხვილი ძუძუმწოვრების და სხვა ცხოველების კონსერვაციისთვის. საბჭოთა პერიოდში ტერიტორიას მართავდა ნაკრძალების მთავარი სამმართველო, რომელიც იყო სატყეო სამინისტროს დაქვემდებარებაში. 1990 წელს ნაკრძალების სამმართველო უშუალოდ დაექვემდებარა ქვეყნის პრეზიდენტს, ხოლო 1993 წელს იგი გადაკეთდა დაცული ტერიტორიების, ნაკრძალებისა და სანადირო მეურნეობების სახელმწიფო დეპარტამენტად და 2004 წლიდან დაექვემდებარა გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსების სამინისტროს.
2. 2003 წლის „თუშეთის, ბაწარა-ბაბანეურის, ლაგოდეხის და ვაშლოვანის დაცული ტერიტორიების შექმნისა და მართვის შესახებ“ საქართველოს კანონის მიხედვით, თუშეთის დაცული ტერიტორიების საერთო ფართობი გაიზარდა 118,319 ჰა-მდე, საიდანაც 10,881 ჰა იყო სახელმწიფო ნაკრძალი, 76,004 ჰა – ეროვნული პარკი, ხოლო 31,434 ჰა – დაცული ლანდშაფტი. ეროვნული პარკის და სახელმწიფო ნაკრძალის მართვას ახორციელებდა სსიპ – თუშეთის დაცული ტერიტორიების დირექცია. დაცული ლანდშაფტის მართვა კი ადგილობრივი მმართველობის კომპეტენცია გახდა. 2008 წლიდან სსიპ – თუშეთის დაცული ტერიტორიების დირექცია გახდა სააგენტოს ტერიტორიული ადმინისტრაცია.
3. 2019 წელს განხორციელდა თუშეთის სახელმწიფო ნაკრძალის, ეროვნული პარკისა და დაცული ლანდშაფტის საზღვრების ბოლო დაზუსტება და საჯარო რეესტრის ეროვნულ სააგენტოში რეგისტრაცია.
4. თუშეთის დაცული ტერიტორია მიეკუთვნება ბუნების დაცვის საერთაშორისო კავშირის (IUCN) დაცული ტერიტორიების მართვის ორ კატეგორიას: თუშეთის სახელმწიფო ნაკრძალი – კატეგორია Iა და თუშეთის ეროვნული პარკი – კატეგორია I