1. ლაგოდეხის ჩრდილოეთით მდებარე მთები და მდინარეთა აუზები ჯერ კიდევ მე-19 საუკუნის ბოლოდან იწვევდა ბოტანიკოსებისა და ნატურალისტების ინტერესს. პოლონელ მოყვარულ ნატურალისტს ლუდვიგ მლოკოსევიჩს მნიშვნელოვანი ღვაწლი მიუძღვის ლაგოდეხის ფაუნისა და ფლორის შესწავლისა და პოპულარიზაციის საქმეში. მან უშუალოდ შეუწყო ხელი რამდენიმე ენდემური მცენარის გამოვლენას და მეცნიერულ აღწერას: იულიას ფურისულა (Primula juliae), ლაგოდეხის ნაღველა (Gentiana lagodechiana), მლოკოსიევიჩის იორდასალამი (Paeonia mlokosewitschii), ლაგოდეხის იორდასალამი (P. lagodechiana). მასვე უკავშირდება კავკასიური როჭოს, როგორც დამოუკიდებელი სახეობის აღწერა. როჭოს ლათინური სახელწოდებაც ამ პიროვნების სახელთან არის დაკავშირებული – Tetrao mlokosiewiczi.
2. 1903 წლის დასაწყისში, ლაგოდეხის ხეობა, როგორც სანადირო მეურნეობა, იჯარით გადაეცა რუსი დიდგვაროვნების დემიდოვ სან დონატოს ოჯახს. ხეების ჭრა, ძოვება და მიწით სხვა სახის სარგებლობა მკაცრად იკრძალებოდა. 1912 წელს ხეობის ნაწილი რუსეთის იმპერიის მეცნიერებათა აკადემიამ და გეოგრაფიული საზოგადოების კავკასიის ფილიალმა ნაკრძალად გამოაცხადა, რითაც ლაგოდეხი საქართველოში და მთლიანად კავკასიის რეგიონში პირველ დაცულ ტერიტორიად იქცა. იმ დროისთვის ნაკრძალი მოიცავდა 3,500 ჰექტარს – ლაგოდეხისხევს და შრომისხევს (ანწალი).
3. 1929 წელს აღნიშნული ტერიტორია პირველად გაფართოვდა. 1945 წელს ნაკრძალს მიემატა სუბალპური და ალპური საძოვრები. სახელმწიფო ნაკრძალის სტატუსი საბჭოთა ეპოქაში გულისხმობდა როგორც ფლორის, ისე ფაუნის სახეობების, და რაც მთავარია, ტყის მაქსიმალურ დაცვას. კანონის თანახმად, ადამიანის მხრიდან ჩარევა მხოლოდ სამეცნიერო-კვლევითი და საგანმანათლებლო საქმიანობით შემოიფარგლებოდა, თუმცა იყო ნადირობის შემთხვევებიც. მოსახლეობას უფლება ეძლეოდა ნაკრძალის ქვედა პერიფერიული ზონები რეკრეაციული მიზნებისა და ტყის არამერქნული პროდუქტების (მაგ., კენკრა, თხილი, სამკურნალო მცენარეები და ა.შ.) შესაგროვებლად გამოეყენებინათ.
4. საბჭოთა პერიოდში ნაკრძალის მართვას ახორციელებდა ნაკრძალების სამმართველო, რომელიც სატყეო სამინისტროს დაქვემდებარებაში იყო. 1990 წელს ნაკრძალების სამმართველო უშუალოდ დაექვემდებარა საქართველოს პრეზიდენტს. 1993 წლიდან შეიქმნა დაცული ტერიტორიების, ნაკრძალებისა და სანადირო მეურნეობების მთავარი სამმართველო. 2004 წელს ეს უწყება დაექვემდებარა გარემოს დაცვისა და ბუნებრივი რესურსების სამინისტროს დაცული ტერიტორიების დეპარტამენტის სახით (ამჟამად სააგენტო).
5. 2003 წელს „თუშეთის, ბაწარა-ბაბანეურის, ლაგოდეხისა და ვაშლოვანის დაცული ტერიტორიების შექმნისა და მართვის შესახებ“ საქართველოს კანონით ლაგოდეხის დაცული ტერიტორიების საერთო ფართობი გაიზარდა 24,258 ჰა-მდე და დაცული ტერიტორიის ორი კატეგორია გამოიყო – ლაგოდეხის სახელმწიფო ნაკრძალი (22,385 ჰა) და ლაგოდეხის აღკვეთილი (1,998 ჰა), რომელსაც ერთი ადმინისტრაცია მართავს.
6. 2007 წელს ცვლილება შევიდა საქართველოს კანონში „თუშეთის, ბაწარა-ბაბანეურის, ლაგოდეხისა და ვაშლოვანის დაცული ტერიტორიების შექმნისა და მართვის შესახებ“, რომლის თანახმადაც ლაგოდეხის სახელმწიფო ნაკრძალის ფართობი შემცირდა 22,296 ჰა-მდე, ხოლო აღკვეთილის გაიზარდა 2,156 ჰა-მდე.
7. 2013 წელს „თუშეთის, ბაწარა-ბაბანეურის, ლაგოდეხისა და ვაშლოვანის დაცული ტერიტორიების შექმნისა და მართვის შესახებ“ საქართველოს კანონში შეტანილი ცვლილების თანახმად, სახელმწიფო ნაკრძალიდან აღკვეთილის კატეგორიაში 2,547 ჰა ფართობის ტერიტორია გადავიდა და ლაგოდეხის აღკვეთილის საერთო ფართობმა 4,500 ჰა შეადგინა.
8. საბოლოო განახლება განხორციელდა 2017 წელს – გაიმიჯნა აღკვეთილისა და ნაკრძალის საზღვრები, ასევე დაზუსტდა გარე საზღვრები