1. კინტრიშის ეროვნული პარკის ტერიტორიულ-ფუნქციური ზონირების მიზანია მასზე არსებული ბუნებრივი რესურსების დაცვის, ამ რესურსების გამოყენების სამართლებრივი მოწესრიგება, აგრეთვე, განსაკუთრებით მნიშვნელოვანია ბუნების მკაცრი დაცვის ზონის იდენტიფიცირება, რომელიც დაიცავს და შეინარჩუნებს კოლხური რელიქტური და მთის ტყის ეკოსისტემებს.
2. კინტრიშის ეროვნული პარკის თავისებურებების გათვალისწინებით, გარემოსდაცვითი ძირითადი მიზნების, რესურსებით სარგებლობისა და „დაცული ტერიტორიების სისტემის შესახებ“ საქართველოს კანონის მე-5 მუხლის გათვალისწინებით, ეროვნული პარკის ტერიტორიაზე გამოყოფილია შემდეგი ზონები:
ა) ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა;
ბ) ვიზიტორთა ზონა;
გ) ტრადიციული გამოყენების ზონა.
შენიშვნა: ზონირება დატანილია რუკაზე დანართ 14-ში, კოორდინატები მოცემულია დანართ 15-ში.
3. კინტრიშის ეროვნული პარკის ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა ეწყობა ხელუხლებელი ბუნების შენარჩუნების, არამანიპულაციური მეცნიერული კვლევისა და საგანმანათლებლო საქმიანობისათვის. ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა მოიცავს კინტრიშის ეროვნული პარკის იმ ნაწილებს, რომლებზეც ანთროპოლოგიური ზეგავლენა ძალიან უმნიშვნელო იყო. ეს ზონა წარმოადგენს ნაკლებად სახეცვლილ ეკოსისტემებს, გადაშენების პირას მყოფ ცხოველთა და მცენარეთა ძირითადი ჰაბიტატების ძირითად გავრცელების არეალს. კინტრიშის ეროვნულ პარკში გამოიყო ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა, რათა შენარჩუნებული იქნას ბუნების ხელუხლებელი კოლხური ტყეები, სადაც ბუნებრივად შენარჩუნებულია ენდემური რელიქტური და „წითელი ნუსხის“ ფლორის სახეობები, ბუნების მკაცრი დაცვის ზონაში გვხდება მესამეული პერიოდის რელიქტური სახეობები, როგორიცაა: წაბლი (Castanea sativa Mill), წიფელი (Fagus orientalis Lipsky), რცხილა (Carpinus caucasica Grossh), ჰართვისის მუხა (Quercus hartwissiana Steven), იმერული მუხა (Quercus imeretina Stev. Ex Malleev), კაკლის ხე (Juglans regia L.), ცაცხვი (Tilia caucasica Rupr), თელა (Ulmus glabra Huds.), რომელიც წარმოდგენილია უნიკალური ქვეტყით, სადაც გვხვდება: უნგერნის შქერი (Rhododendron ungernii Trautv), სმირნოვის შქერი (R. smirnovii Trautv. ex Regel), იელი (Rhododendron luteum Sweet), წყავი (Laurocerasus officinalis M.Roem), დეკა (Rhododendron caucasicum Pall), კოლხური ბზა (Buxus colchica Pojark). ბუნების მკაცრი დაცვის ზონა საუკეთესო საცხოვრებელ გარემოს ქმნის ისეთი ფაუნის წარმომადგენლებისთვის როგორიცაა: მურა დათვი (Ursus arctos), ფოცხვერი (Lynx Lynx), არჩვი (Rupicapra rupicapra), წავი (Lutra lutra), ევროპული შველი (Capreolus capreolus).
4. კინტრიშის ეროვნული პარკის ვიზიტორთა ზონა ეწყობა ბუნების დაცვის, რეკრეაციისა და საგანმანათლებლო საქმიანობისათვის. ეს ზონა მოიცავს კინტრიშის ეროვნული პარკის ეკოსისტემის ყველაზე მეტად დამახასიათებელ ნიმუშებს. ამ ზონის ზოგიერთმა ტერიტორიამ განიცადა მეტ-ნაკლები ცვლილებები ადამიანის ჩარევის შედეგად, მაგრამ აქ არ არის დაშვებული ბუნებრივი რესურსებით სარგებლობა. ვიზიტორთა ზონაში მდებარეობს დამთვალიერებლებისთვის საინტერესო და მიმზიდველი ადგილები, როგორიცაა: მაღალი სარეკრეაციო ღირებულებითა და ბუნებრივი მახასიათებლებით გამორჩეული ტერიტორიები. ამ ზონაში ასევე შედის ტერიტორიები, რომლებიც წარმოადგენენ სხვადასხვა ცხოველის ჰაბიტატებს და სამიგრაციო ბილიკებს. კინტრიშის ეროვნულ პარკში გამოიყო ვიზიტორთა ზონა ტერიტორიაზე ვიზიტორთა ბილიკების არსებობის გამო (საფეხმავლო, სამანქანო, საცხენოსნო). აქ ვიზიტორს შეუძლია, მოინახულოს კოლხული ბზის კორომი და რუშავის ჩანჩქერი. სოფელ ხინოდან 12 კილომეტრის დაცილებით არის ტბა ტბიყელი, სადაც ტურისტს შეუძლია, მივიდეს ფეხით ან ცხენით და მოინახულოს გზად ულამაზესი კოლხური ტყე და ტბა ტბიყელი, რომელიც ზღვის დონიდან 2 000 მეტრზე მდებარეობს.
5. კინტრიშის ეროვნული პარკის ტრადიციული გამოყენების ზონა ეწყობა ბუნების დაცვისა და განახლებადი ბუნებრივი რესურსების ტრადიციულ გამოყენებასთან დაკავშირებული სამეურნეო საქმიანობისათვის. ეს ზონა მოიცავს კინტრიშის ეროვნული პარკის იმ ნაწილებს, რომლებიც ტრადიციულად გამოიყენება დაცული ტერიტორიების მიმდებარე ტერიტორიებზე მცხოვრები მოსახლეობის მიერ განახლებადი ბუნებრივი რესურსების მოსაპოვებლად. კინტრიშის ეროვნულ პარკში გამოიყო ტრადიციული გამოყენების ზონა, რადგან ტერიტორიაზე არსებულ სოფლებში სეზონურად ცხოვრობს მოსახლეობა, რომელიც ეწევა სასოფლო-სამეურნეო საქმიანობას, ჰყავს შინაური პირუტყვი, ძირითადად, ძროხა, მოჰყავს ერთწლიანი კულტურები: ლობიო, სიმინდი, კარტოფილი, ნიორი, ასევე თითქმის ყველა ოჯახს ჰყავს ფუტკრის სკებ